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Albricias, compañeros y camaradas. El programa por cuya existencia llevaba eones suplicando existe. Existe y además es gratis. La maravilla de las maravillas que me permitirá tener los 6000 pdf's que almaceno en mi bicho organizados, etiquetados, y fácilmente localizables. Hoy la vida es un poco más bonita...

Ah, sí, que se me olvidaba deciros que el programa se llama Yep y está disponible sólo para MacOS. En fin, nada es perfecto...

vengoroso - linkdump



quince comentarios:

Yep esta muy bien, pero a mi me gusta más Papers, un programa perfecto para clasificar, gestionar y leer los artículos en pdf —la principal ventaja respecto a Yep es que permite buscar directamente en Google scholar, pubmed, arxiv, etc.

Eso si, de nuevo, solo para Mac :-)

P.S. Papers es un pelin más caro, pero, ojo, hacen descuento del 40% a PhD students.
kikollan (URL) - 13 02 08 - 12:39

¡Gracias! le echaré un vistazo al Papers ese, eso de que se integre con arXiv es sin duda una cosa interesante… y más ahora que descubro que Yep no es gratuíto, sino que sólo dura un par de semanas antes de caducar…
Lo del descuento no vale para posdocs, ¿no? me temo que me pilla un poco tarde :-/
vengoroso (URL) - 14 02 08 - 10:14

Al final, ¿es esto o no lo que pedías durante eones? ¿No te gustó el Zotero? Como decías la otra vez, es verdad, yo ahora soy fan del Citeulike (¡que además me lo presentaste tú!), y para lo que quiero es un invento. Voy a explicarlo un poco, para quien no lo conozca: es un sitio donde se puede guardar una base de datos de artículos científicos, con la idea de favorecer la interacción con otra gente; algo como del.icio.us, pero para artículos. Requiere un registro, pero es gratuito y su autor dice que su intención es que siga siendo un servicio público, aunque por ahora prefiere no publicar el código fuente. Además,


  • Se pueden añadir artículos a la base de datos directamente desde las páginas más usuales (el Mathscinet, el arXiv…), sin introducir los datos a mano.

  • Puedes guardar una copia personal en PDF de un artículo, si quieres. Esa copia es privada, porque la mayoría tienen derechos de autor.



  • Puedes descargar la base de datos, o una parte, como archivo Bibtex, o en otros formatos.


Otra ventaja que le veo es que es un servicio en internet, y no tienes que estar usando siempre el mismo ordenador para añadir cosas o leer lo que añadiste ayer… Mi experiencia con las bases de datos que guarda uno mismo es que tarde o temprano cambias de ordenador, usas dos en sitios distintos, se te olvida copiar algo de un sitio a otro, quieres cambiar de programa y convertir el formato es un peñazo… Los programas online ganan terreno en estas cosas.

Sé que había algo que no te gustaba del Citeulike, pero no recuerdo qué era exactamente, aunque sí recuerdo que era una pega sin solución. Recuérdamelo, a ver si algo ha cambiado desde entonces.

Ah, bueno, y ésta es mi página en el Citeulike, por si queréis echarle un vistazo y leer los mismos artículos que yo. ¿Ves? ¿A que está chulo poder hacer esto?
Corleone (URL) - 15 02 08 - 15:49

Y con lo del Mac os estáis poniendo muy elitistas ya, os ha comido el coco el tío ése a medio afeitar con sus portátiles ultrafinos, sus estrategias de publicidad y sus discursos de graduación...
Corleone (URL) - 15 02 08 - 15:56

Después de algunos días de pruebas, coincido con Kikollán en que Papers es más adecuada a mis propósitos que Yep. Y sí, esto es, definitivamente, lo que estaba buscando. Bueno, o lo sería si tuviera un par de funcionalidades añadidas (integración con MathSciNet, ZentralBlatt y JStor, capacidad para manejar también archivos DjVu, y otra cosilla que os comento después).

CiteULike es otra cosa, y para lo que está (mantener la base de datos de artículos) está bien. Pero no era lo que yo buscaba por dos razones: La primera y fundamental, porque aunque seas el tío más metódico del mundo, archives eficientemente, etiqutes con consistencia y demás, no ofrece forma de buscar dentro del texto de los PDF’s, y eso es un deal breaker para mí.Por muchas etiquetas que pongas, hay veces en las que lo que quieres es consultar una definición, y no te acuerdas en qué artículo estaba. Imagina cuando además de artículos tienes cientos de libros en pdf en tu “biblioteca electrónica”, perfectamente agrupados por autores, pero tú lo único que quieres es que te recuerden la definición precisa de holonomía. Sin una búsqueda en el texto, es jodío. Además, lo de que sea “por huevos online” no me gusta. Yo quiero poder consultar mis artículos, con su base de datos, en cualquier momento.

Zotero se quedó a medias. No cumplía lo que prometía (era bastante cutre para integrarse con el arxiv, no te distinguía a los autores los unos de los otros, liaba el auto-etiquetado, y al final resultaba más lento arreglar la información que cogía automáticamente que meterla directamente a mano.

Además, tanto Zotero como CiteULike tienen otro problema, no te permiten “importar” los pdfs que ya tengas. Que sí, que está bien lo de decir “a partir de ahora voy a ser organizado y consistente”, pero que este menda pasa de ponerse ahora a buscar la información de todo lo que tengo guardao, que son 6000 archivos, leches.

Papers permite importar una colección de PDFs, añadirles metadatos, buscar automaticamente en arXiv, PubMed, Citeseer, Webscience, Google Scholar y otras bases de datos la información del artículo o libro, para rellenar los campos correspondientes (incluso admite la búsqueda por DOI). Y además de las etiquetas, indiza el texto de los archivos, y eso, nenes es una gozada. Que te pones a escribir un artículo nuevo y haces una búsqueda temática de todos los artículos que contengan “noncommutative geometry”, “twisted”, “connection”, “covariant derivative”, la salvas como búsqueda inteligente (para que si añades más archivos que estén relacionados también te aparezcan), exportas los resultados de la búsqueda como colección al pendrive para llevar juntas todas las referencias de consulta, y también lo exportas como archivo BibTex para hacer referencias desde tu latex. Una gozada, nene.

Para que no me llames fanático, sigue sin ser perfecto. Yo quiero que haga lo mismo con los 9GB de libros en DjVu que tengo por ahí almacenaos, quiero que se integre con las bases de datos específicas de matemáticas (MathSciNet, ZentralBlatt, JStor, como ya dije antes), y quiero (este es el mayor fallo por ahora) que me permita asociar metadatos a los archivos en grupo, aunque sea usando un script, en vez de tener que seleccionar cada archivo uno a uno y darle al botoncito de buscar referencia. Además, no es OpenSource, por lo que no puedo ponerme yo a hacer ninguna de estas cosas (aunque tiene una forma de añadir plugins para nuevas bases de datos). Intentando decidirme entre Yep y Papers me puse en contacto con el autor del último, y me dijo que están trabajando en estas cosas para la próxima versión, lo cuál no es un mal comienzo. Respecto a lo de los cambios de programa, la idea de esta cosa es archivar esta información sobre los artículos como “metadatos” en los mismos archivos, de la misma manera que el disco, el artista el año y todo lo demás están guardados en un MP3. Los archivos PDF pueden llevar metadatos dentro, y de hecho me parece vergonzoso que LaTeX no añada cosas como titulo, autores, año, y un largo etc en el mismo momento de crear el archivo. La cosa es que una vez que tienes estos metadatos puestos en todos tus archivos, cualquier programa que sea capaz de leerlos puede aprovecharlos.

Respecto al elitismo Mac, pues qué quieres que te diga. Que llevo años buscando algo como esto para linux, o incluso windows, y es que no existe. No es que haya solo cosas caras o cutres, es que no existen programas como este. Dame una alternativa abierta y la usaré, pero mientras no tenga otra cosa, estos dos programas (aunque como ya digo, creo que me quedaré con Papers) han simplificado mucho mi trabajo.
vengoroso (URL) - 16 02 08 - 05:24

Claro, eso era: buscar dentro de los archivos. Es verdad, para lo que quieres, eso tiene buena pinta… Te hago un par de comentarios a lo que dices:

Buscar dentro de los PDFs es una buena idea, pero yo no creo que le diera mucho uso. Para buscar una definición concreta miro en internet y casi siempre está mejor que lo que yo pueda tener almacenado. Además, muchos PDFs, sobre todo de libros, están escaneados y son imágenes, de forma que no contienen el texto del libro, al contrario que si buscas, por ejemplo, en Google books. Esto se agrava por el hecho de que la mayoría de los PDFs que no puedo encontrar en el arXiv son de hace algunos años, que son de los que guardo una copia, son precisamente los que están escaneados. Esto dicho, me pregunto si alguien se lo ha sugerido al del Citeulike…

Lo de importar tu biblioteca gigante de PDFs, vale: para eso te hace falta un programa en tu ordenador, porque no creo que un servicio en internet quiera permitirlo (por problemas de espacio, supongo).

Sobre los metadatos de los PDFs, también me parece una idea muy buena. Lo malo es que como dices, por ahora no es nada estándar, y el problema de cambiar de programa sigue ahí hasta que se pongan de acuerdo.

Y el hecho de que no puedas usar la misma base de datos en dos ordenadores es para mí el "deal breaker" que dices. Un poco más a largo plazo, parece que la dirección es que los programas en internet pierdan las pegas que tienen ahora: restricción de espacio, disponibilidad de la conexión…

En fin, que la variedad es lo bueno, ¿no? Esto no es una guerra religiosa de "qué es mejor", porque a cada uno le va bien una cosa distinta. Sin embargo, el elitismo del Mac ya es otra cosa, y no me refiero a usar un programa u otro, sobre todo si no hay opción como es el caso. Me refiero a vosotros, idólatras, ¡que os habéis dejado llevar por la elegancia de su diseño! ¡Que habéis sucumbido a las tentaciones de los anuncios de portátiles vistos de perfil! ¡A vosotros, que os complacéis en la desviación de un menú arriba del todo de la pantalla! ¡Vosotros, cuando vengan las siete plagas, no podréis esconderos!
Corleone (URL) - 16 02 08 - 06:24

Por cierto, si hubiera un programa que instalar en un servidor, estaría chulo guardar una biblioteca de PDFs de libros que no pueden encontrarse fácilmente… Supongo que si eso deja de tener problemas legales las bibliotecas digitales podrán incluirlos…
Corleone (URL) - 16 02 08 - 06:28

Hola
Me parece muy interesante lo del Papers. Yo soy un usuario y acérrimo defensor de Endnote. Ya sé que no es bien bien lo mismo que lo que estáis comentando aquí, aunque la verdad es que para mi fue un salto cualitativo a años luz de lo que la gente en mi departamento hacía hasta entonces. Ahora me conocen como el plasta del Endnote, porque siempre intento atraer a gente a mi bando. A pesar de tener contras (programa de pago; era sólo para MSOffice, aunque ahora en la versión X ya hay para Mac y si mal no recuerdo también lo puedes hacer funcionar con algún otro procesador de texto; etc.), tiene muchas otras ventajas, aunque la más interesante quizá sea lo de citar artículos y organizar la bibliografía en tus escritos.
Yo personalmente intento gestionar los pdfs a través del Endnote. El programa te permite hacer un link en la referencia al archivo en pdf (u otro tipo de archivos, ya sean tablas o figuras), con lo que sólo necesitas un click y ya te abre automáticamente el archivo. Luego, como ya sabéis, también te puedes descargar directamente las referencias al Endnote desde la mayoría de portales de publicaciones científicas.
Sobre el uso compartido del programa en 2 o más ordenadores, la versión X permite poner los links a tus pdfs de manera directa, es decir, que no sólo te escribe la ruta donde tienes el artículo sinó que también te hace una copia del mismo en sus archivos. De esta manera, puedes transferir tu librería a un compañero (o a ti mismo) y con ella también los pdfs. Ahora bien, no ofrece ese servicio de backup virtual usando servidores. Te tienes que encargar tu mismo de mantener copias de seguridad, y si lo pierdes… ya puedes ir pensando en dejarte las venas largas.
Saludos y perdonad si es un pelín off-topic
javiportero - 20 02 08 - 18:56

Off-topic nada, hombre, está bien conocer otras opciones :-)
Pero macho, lo del endnotes es una clavada en toda regla. 250 eypos me parecen exagerar un pelín… sobre todo para lo que parece que ofrece.

Creo que ya he charlado sobre esto con alguien (no me acuerdo si aquí o en otro blog) pero el caso es que todas esas funciones del Endnotes de “cita mientras escribes”, agrupar y generar bibliografías por autor, o por año o por orden de cita… son cosas que hace LaTeX con dos lineas de comando. Y para crear y mantener el archivo de referencias (en formato BibTex) hay muchas opciones gratuítas: CiteUlike como le gusta a Corleone, Jabref totalmente multiplatarforma, Bibdesk para los que prefieran algo más Mac, Zotero embebido como extensión del Firefox.

No sé, leo las descripciones del Endnote y me da la impresión de que lo que hace es resolver problemas del word, que es incapaz de manejar referencias de manera apropiada por sí mismo. ¿En qué campo trabajas tú? en mates nunca he conocido a nadie que haga las cosas en Word, para las fórmulas es que simplemente no da la talla… claro que me imagino que ponerse a aprender LaTeX, para alguien que casi no las use, puede ser un pelín exagerado :-D
vengoroso - 21 02 08 - 12:08

Hola de nuevo.
Aunque con retraso voy a comentar algo sobre lo que dije del Endnote. Sí que es caro, pero claro, yo siempre he tenido una versión institucional, con lo que no he pagado. Muchas veces los equipos de investigación ya lo tienen o sacan provecho de precios más económicos al estar en instituciones educativas o de investigación. Pero claro, gratis no es y eso es un punto negativo de este programa.
Vengoroso, en lo que tienes toda la razón del mundo es que el Endnote está sólo pensado para resolver los problemones del word. Sinceramente, no me gusta nada el word. He tenido malas experiencias, como la mayoría, y juntar los factores “tesis+word” hace una combinación altamente inestable y potencialmente explosiva. Yo no soy del campo de las matemáticas, en el que me imagino que el mathtab del word tiene que sonar a chiste (si a mi ya no me sirve muchas veces). Soy de humanidades, concretamente de arqueología, aunque hago mis pinitos con algo de química y un pelín de estadística (aunque no soy demasiado bueno en ello, tengo que estudiar mucho más). Entré en este “bar” a través del todopoderoso google y de vez en cuando me gusta echar un vistazo. Ahora bien, la mayoría de los temas se me escapan bastante.
Volviendo al Endnote, en mi campo es terrible, pero todo el mundo pide los trabajos en word, excepto un par de revistas internacionales que funcionan a través de Elsevier y Blackwell, y ya subes tus artículos y se convierten en pdf para su revisión. Es más, hace poco contacté con una editorial para publicar la tesis y les pregunté si preferían que usara LaTeX o les proporcionara un pdf. Pues no, que les hiciera llegar el archivo word que ellos ya lo maquetarían, que es a lo que están acostumbrados.
Sobre el LaTeX…, es una asignatura que tengo pendiente. Empecé a juguetear un poco, también con Linux (primero el Knopix y luego el Ubuntu), pero el principal problema con el que me encuentro es que en mi campo todo, absolutamente todo el mundo utiliza word y, obviamente, windows. Así que intentar usar otros sistemas y programas no tan extendidos te supone el doble de trabajo: hacerlo como tu quieras y rehacerlo como te lo piden. :(
En fin, tiempo al tiempo.
Saludos
javiportero - 28 02 08 - 22:59

Mira, ya sé qué es eso del Endnote, que siempre me sale como formato en “exportar bibliografía” y no tenía ni idea de qué iba.

Pues sí, supongo que intentar usar latex en tu campo es ir contra corriente… Por otra parte, en realidad usarlo no requiere tanto tiempo, sobre todo si no necesitas mucha variedad de fórmulas matemáticas. Hacer lo corriente es sencillo, lo que es más latazo es personalizar las cosas. Pero si te gusta el sistema (y yo estoy de acuerdo en que para cosas largas/con bibliografía/con fórmulas/serias es mejor, y por mucho) siempre puedes usarlo para alguna que otra cosa, donde interfiera menos. Las buenas ideas (a veces) terminan por extenderse. Y más si son gratis.
Corleone (URL) - 29 02 08 - 03:58

Efestivamente, lo del mathtab del word es un chiste, y de los malos. Cosas tan tontas como numerar una ecuación, para luego poder citarla usando el número correspondiente, son verdaderas pesadillas.

Latex es el camino definitivo a la salvación, los documentos bien maquetados, al preocuparte del contenido y no del aspecto…

Por cierto, por la red circula un manual de Latex para Humanidades que lo mismo te interesa. Y si por algún oscuro motivo quieres desgraciar convertir tu documento de latex a word, puedes usar Tex2Word (de pago)
vengoroso (URL) - 29 02 08 - 06:32

Gracias por el link al manual, no lo conocía. Seguro que me sirve de mucho. Supongo que si en algún momento me interesara desgraciar convertir un documento de latex a word probaría el Tex2Word. No obstante, ¿sabéis si la calidad de conversión es buena o, por el contrario, hace de las suyas y te la puede liar? Es que estamos hablando de MSword y es bastante puñetero.
Saludos
javiportero - 01 03 08 - 02:15

esto no me sirve
dddddd - 23 04 09 - 01:36

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